Fyzikální a chemické vlastnosti tekoucích a stojatých vod ovlivňující výskyt organismů, struktura a členění vodních biocenóz (tekoucí, stojaté a extrémní vody), interakce vodního a suchozemského prostředí, koloběh látek a energie, antropické vlivy (acidifikace, eutrofizace, technické úpravy a regulace, změny hydrologického režimu), čištění odpadních vod, ochrana vodních a s vodou souvisejících biocenóz, biologie vodních organismů, morfologické a fyziologické adaptace pro život ve vodě, bioindikace.