Tento kurz bude náhradou klasické výuky předmětu Chemický software z důvodu zákazu účasti studentů na skupinové výuce v souvislostí s pandemií COVID-19.
Kurz bude zahrnovat vzdělávání v oblasti práce s vybraným chemickým softwarem a seznámení s nosnými pojmy, jejichž chápání umožní studentům uvědomělou aplikaci následujících programů v praxi.
Heslovitě lze obsah kurzu shrnout následovně:
1) Zobrazovaní modelů biopolymerů, metody vizualizace, měření euklidovských vzdáleností, překládání 3D modelů proteinů, RMSD, algoritmy trojrozměrné superimpozice alfa uhlíků, dynamické simulace a tvorba video souborů - program PyMOL
2) Geometrická optimalizace molekulárních modelů, algoritmy pro energickou minimalizaci, základy molekulárního modelování krátkých řetězců nukleových kyselin a homologního modelování - program Avogadro
3) Základy bioinformatiky, tvorba Ramachandranova grafu, morfování a stínování molekulárních modelů, distanční matice, RR matice, kontaktní mapy proteinů, podobnost primárních sekvencí proteinů - program Chimera
- Učitel: Rafael Doležal