Tento kurz je zamýšlen jako náhrada konzultativní supervize diplomantů Katedry chemie, kteří ve své diplomové práci zamýšlí využít molekulární modelování.
Kurz bude zahrnovat následující témata:
1) Tvorba ligandové databáze - tvorba vstupních modelů ligandů, odhad protonového stavu, geometrická optimalizace, odhad konformační flexibility a termodynamického rozložení konformerů, výpočet elektrostatických nábojů, příprava ligandů do vhodného formátu pro molekulární docking
2) Příprava modelů biologického cíle - volba vhodného biologického cíle, lokalizace a predikce vazebného místa, kontrola modelu biologického cíle, optimalizace modelu biologického cíle, případná chemická modifikace biologického cíle, simplifikace modelu, vymezení flexibilní části biologického cíle, příprava konfigurační souboru pro molekulární docking, příprava vstupních soborů pro molekulární docking
3) Molekulární docking - testování a ladění provedení molekulárního dockingu, nastavení složitosti molekulárního dockingu, paralelizace výpočtů, tvorba skriptů a automatizace výpočtů, ověření a validace výpočetní metodiky, komparace tzv. rigidního a flexibilního dockingu
4) Interpretace výsledků molekulárního dockingu - energetické rozložení predikovaných vazebných módů, RMSD distribuce, nevazebné molekulární interakce, příspěvky různých typů nekovalentních vazeb, geometrický popis vazebného módu, grafická reprezentace predikovaného vazebného módu, statistická analýza a hodnocení získaných výsledků.
6) Kritická analýza - interpretace výsledků, podměty pro design nových bioaktivních látek, reflexe vztahu mezi strukturou a aktivitou, farmakokinetické a farmakodynamické aspekty potenciálních léčiv, odborný styl prezentace molekulárního dockingu v diplomové práci.
- Učitel: Rafael Doležal